Η οργάνωση και λειτουργία της Δ.Ο.Α., για την εκπλήρωση της αποστολής της, διέπεται από το ακόλουθο νομικό πλαίσιο:
Ν. 2523/1997 (ΦΕΚ Α΄ 179/11-09-1997) «Διοικητικές και ποινικές κυρώσεις στη φορολογική νομοθεσία και άλλες διατάξεις» όπως τροποποιήθηκε και ισχύει με Ν. 4472/2017 (ΦΕΚ Α΄ 74/19-05-2017)
Ν. 2731/1999 (ΦΕΚ Α’ 138/05-07-1999) «Ρύθμιση θεμάτων Διμερούς Κρατικής Αναπτυξιακής Συνεργασίας και Βοήθειας, ρύθμιση θεμάτων Μη Κυβερνητικών Οργανώσεων και άλλες διατάξεις» όπως τροποποιήθηκε και ισχύει με Ν.4110/2013, Ν.4170/2013 και Ν.4182/2013.
Ν. 4144/2013 (ΦΕΚ Α΄ 88/18-04-2013) «Αντιμετώπιση της παραβατικότητας στην Κοινωνική Ασφάλιση και στην αγορά εργασίας και λοιπές διατάξεις αρμοδιότητας του Υπουργείου Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Πρόνοιας» όπως τροποποιήθηκε και ισχύει με Ν. 4555/2018, Ν. 4490/2017.
Ν. 4170/2013 (ΦΕΚ Α΄ 163/12-07-2013) «Ενσωμάτωση της Οδηγίας 2011/16/ΕΕ, ρύθμιση θεμάτων της ΕΛ.Τ.Ε., αναμόρφωση Οργανισμού του Ν.Σ.Κ. και άλλες διατάξεις» όπως τροποποιήθηκε και ισχύει με Ν. 4446/2016 (ΦΕΚ Α΄ 240/22-12-2016) και Ν. 4488/2017 (ΦΕΚ Α΄ 137/13-09- 2017).
Ν. 4174/2013 (ΦΕΚ Α΄ 170/26-07-2013) «Φορολογικές διαδικασίες και άλλες διατάξεις» » όπως τροποποιήθηκε και ισχύει Ν. 4337/2015 (ΦΕΚ Α΄129/17-10-2015).
Ν. 4249/2014 (ΦΕΚ Α΄ 73/24-03-2014) «Αναδιοργάνωση της Ελληνικής Αστυνομίας, του Πυροσβεστικού Σώματος και της Γενικής Γραμματείας Πολιτικής Προστασίας, αναβάθμιση Υπηρεσιών του Υπουργείου Δημόσιας Τάξης και Προστασίας του Πολίτη και ρύθμιση λοιπών θεμάτων αρμοδιότητας Υπουργείου Δημόσιας Τάξης και Προστασίας του Πολίτη και άλλες διατάξεις».
Ν. 4281/2014 (ΦΕΚ Α΄ 160/08-08-2014) «Μέτρα στήριξης και ανάπτυξης της ελληνικής οικονομίας, οργανωτικά θέματα Υπουργείου Οικονομικών και άλλες διατάξεις».
Ν. 4320/2015 (ΦΕΚ Α΄ 29/19-03-2015) «Ρυθμίσεις για τη λήψη άμεσων μέτρων για την αντιμετώπιση της ανθρωπιστικής κρίσης, την οργάνωση της Κυβέρνησης και των Κυβερνητικών οργάνων και λοιπές διατάξεις» όπως τροποποιήθηκε και ισχύει με Ν. 4446/2016 (ΦΕΚ Α΄ 240/22-12-2016)
Ν. 4410/2016 (ΦΕΚ Α΄ 141/03-08-2016) «Τροποποιήσεις του Εθνικού Τελωνειακού Κώδικα προς ενίσχυση της καταπολέμησης της παράνομης εμπορίας καπνού και βιομηχανοποιημένων καπνών και Ίδρυση Συντονιστικού Κέντρου για την Καταπολέμηση του λαθρεμπορίου, εναρμόνιση της ελληνικής νομοθεσίας προς την απόφαση 2009/917/ΔΕΥ του Συμβουλίου της 30ης Νοεμβρίου 2009 για τη χρήση της πληροφορικής για τελωνειακούς σκοπούς και άλλες διατάξεις αρμοδιότητας Υπουργείου Οικονομικών και ενσωμάτωση στην εθνική νομοθεσία των άρθρων 15, 16 και 18 της οδηγίας 2014/40/ΕΕ του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και του Συμβουλίου της 3ης Απριλίου 2014 για την προσέγγιση των νομοθετικών, κανονιστικών και διοικητικών διατάξεων των κρατών – μελών σχετικά με την κατασκευή, την παρουσίαση και την πώληση προϊόντων καπνού και συναφών προϊόντων και την κατάργηση της οδηγίας 2001/37/ΕΚ και άλλες διατάξεις».
Ν. 4497/2017 (ΦΕΚ Α΄ 171/13-11-2017) «Άσκηση υπαίθριων εμπορικών δραστηριοτήτων, εκσυγχρονισμός της επιμελητηριακής νομοθεσίας και άλλες διατάξεις» όπως τροποποιήθηκε και ισχύει με Ν. 4512/2018 (ΦΕΚ Α΄ 5/17-01-2018).
Ν. 4512/2018 (ΦΕΚ Α΄5/17-01-2018) «Ρυθμίσεις για την εφαρμογή των Διαρθρωτικών Μεταρρυθμίσεων του Προγράμματος Οικονομικής Προσαρμογής και άλλες διατάξεις».
Ν. 4557/2018 (ΦΕΚ Α΄139/30-07-2018) «Πρόληψη και καταστολή της νομιμοποίησης εσόδων από εγκληματικές δραστηριότητες και της χρηματοδότησης της τρομοκρατίας (ενσωμάτωση της Οδηγίας 2015/849/ΕΕ και άλλες διατάξεις)» όπως τροποποιήθηκε και ισχύει με Ν. 4583/2018 (ΦΕΚ Α΄ 212/18-12-2018).
Π.Δ. 9/2011 (ΦΕΚ Α΄ 24/21-02-2011) «Σύσταση, Οργάνωση και Λειτουργία Υπηρεσίας Οικονομικής Αστυνομίας και Δίωξης Ηλεκτρονικού Εγκλήματος».
Π.Δ. 178/2014 (ΦΕΚ Α΄ 281/31-12-2014) «Οργάνωση Υπηρεσιών Ελληνικής Αστυνομίας» όπως τροποποιήθηκε και ισχύει με Π.Δ. 21/2017 (ΦΕΚ Α΄35/21-3- 2017).
Π.Δ. 71/2015 (ΦΕΚ Α΄ 114/22-09-2015) «Μεταφορά της Γενικής Γραμματείας για την Καταπολέμηση της Διαφθοράς στο Υπουργείο Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων».
Υ30 Απόφαση Πρωθυπουργού (ΦΕΚ Β΄ 2183/12-10-2015) «Ανάθεση αρμοδιοτήτων στον Αναπληρωτή Υπουργό Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων Δημήτριο Παπαγγελόπουλο».
Κ.Υ.Α. 7001/2/1445-κζ΄ (ΦΕΚ B΄ 2232/01-08-2012) «Ενημέρωση και ανταλλαγή πληροφοριακών στοιχείων μεταξύ Υποδιεύθυνσης Οικονομικής Αστυνομίας και Υπηρεσιών Υπουργείου Οικονομικών, για την εφαρμογή της φορολογικής και τελωνειακής νομοθεσίας».
2/4424/0004 από 18-01-2018 (ΦΕΚ Β΄ 64) Απόφαση του Αναπληρωτή Υπουργού Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, Υπουργού Οικονομικών και Διοικητή της Ανεξάρτητης Αρχής Δημοσίων Εσόδων. «Σύσταση Συντονιστικού Οργάνου Καταπολέμησης Φορολογικού Εγκλήματος»
ΔΕΛ Β 1008397 ΕΞ 2018 από 18-01-2018 (ΦΕΚ Β΄63) Απόφαση Υπουργών Δικαιοσύνης, Διαφάνειας & Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και Οικονομικών και Διοικητή της Ανεξάρτητης Αρχής Δημοσίων Εσόδων.
32143/Δ1.11288 από 22-06-2018 (ΦΕΚ Β΄ 2401) Απόφαση Υπουργού Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Κοινωνικής Αλληλεγγύης. «Επανακαθορισμός όρων ηλεκτρονικής υποβολής εντύπων αρμοδιότητας Σώματος Επιθεώρησης Εργασίας (Σ.ΕΠ.Ε.) και Οργανισμού Απασχολήσεως Εργατικού Δυναμικού (Ο.Α.Ε.Δ.).»